Papanäytteestä voidaan havaita esimerkiksi:
- emättimen bakteeritulehdus eli bakterielli vaginoosi (emättimessä maitohappobakteerien määrä vähentynyt, bakteeritasapainon häiriö)
- tulehdus (valkosolujen määrä lisääntynyt näytteessä)
- atrofia (estrogeenin puutteesta johtuvaa emättimen limakalvon ohenemista ja haurastumista)
- regeneraatio (kudoksen uusiutumiseen liittyvä hyvänlaatuinen muutos)
- sytolyysi (solujen hajoaminen emättimen happamuuden vuoksi)
- sieni (hiivasientä esiintyy usein suolessa ja usein myös oireettomana emättimessä; se saattaa ajoittain aiheuttaa myös oireisen emättimen sienitulehduksen, jonka oireena on kutina)
- sekafloora (bakteerien sekakasvua emättimessä)
- herpes (Herpes simplex -virusta nähtävissä papanäytteessä)
- tricomonas, melko harvinainen alkueläin, joka aiheuttaa emätintulehduksen